Infelizmente, ela não está prescrita.
Prescrição é a perda do direito de cobrança de um determinado valor. É o resultado pela falta de iniciativa.
No seu caso, houve um protesto. Ele gerou a formalização de um crédito que aquela companhia tem, sob sua responsabilidade.
O fato de que ela não tenha tomado nenhuma atitude até o presente momento, não tira dela o direito de fazê-lo. A partir do momento do protesto, ela terá este direito. Normalmente não fazem, pelo fato de que os valores são pequenos.
Mas, de qualquer forma, o direito existe.
Agora, se você se refere à exclusão de seu nome do rol de inadimplentes do SCPC e SERASA, ela será efetivada em Outubro de 2.007 (pelo fato de que se passaram três anos, e esta é a norma contida no Novo Código Civil Brasileiro).
Espero ter ajudado.